O setor de esterilização recebe os materiais, principalmente da Clínica Odontológica, lava e esteriliza utilizando a autoclave. Também é atividade e responsabilidade do setor armazenar e entregar os materiais estéril que são utilizados nas clínicas e laboratórios odontológicos.

O setor de esterilização cumpre com rigor, todas as normas de biossegurança como protocolo diário de suas atividades. Este setor possui uma área de 49,2m² e está equipado com estufas, autoclaves diversas, exaustores dentre outro materiais necessários para as atividades do setor.