O setor de esterilização recebe os materiais da Clínica Odontológica e esteriliza utilizando o processo de autoclavação a vapor. São atividades e responsabilidade do setor armazenar e entregar os materiais estéreis que serão utilizados na clínica.

O setor de esterilização cumpre com as normas de biossegurança como protocolo diário de suas atividades. Este setor possui uma área de 49,2m², e está apto a atender 6 alunos por vez durante todo o dia.

No setor de esterilização os alunos também são capacitados quanto à lavagem e conservação dos instrumentos antes de passarem pela autoclave.